הסרט "בית לחם" עוסק במערכת היחסים המורכבת בין רזי, הרכז של נפת בית לחם בשב"כ, לסַנפוּר, אחיו הצעיר של מפקד גדודי חללי אל אקצא בעיר. רזי גייס את סנפור כבר כשהיה בן 15. הוא השקיע זמן רב בפיתוח היחסים עם הנער, הפך לדמות אב בשבילו ונקשר אליו בעצמו. עכשיו, בן 17, סנפור מנסה לתמרן בין הנאמנות שלו לאחיו והדרישות של רזי, חי חיים כפולים ומשקר לשניהם. כשבשב"כ מגלים את מידת מעורבותו של סנפור בפעילות של אחיו, מוצאים רזי וסנפור את עצמם בסיטואציה בלתי אפשרית